在HNSCC中对NRF2信号和预测生物标记物的向蛋白质量定量
Nathan T Wamsley1, Emily M Wilkerson1, Li Guan2
1Department of Cell Biology and Physiology, Washington University in St Louis, St Louis, Missouri, USA.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|September 16, 2023
概括
这项研究开发了一种快速蛋白质组学试验,用于测量头癌中NRF2通路蛋白. 这种测试可以根据NRF2活性对患者进行分层,从而潜在地指导治疗决策以获得更好的结果.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物标志物发现发现
背景情况:
- NFE2L2 (NRF2) 途径促进癌症的进展,免疫逃避和治疗耐药性.
- 通过NRF2活性对患者进行分层可以优化头角状细胞癌 (HNSCC) 治疗.
- 需要一种临床可行的测定方法来量化HNSCC中的NRF2途径组件.
研究的目的:
- 开发和验证基于质谱的向蛋白质组学试验,用于量化HNSCC中的NRF2通路蛋白和临床生物标志物.
- 改进SureQuant算法,以提高蛋白质组分析中的吞吐量,灵敏度和精度.
- 在HNSCC患者样本和癌细胞模型中评估测试的临床效用.
主要方法:
- 使用内部标准触发并行反应监测 (PRM) 来量化69个NRF2通路组件和21个临床蛋白质的向蛋白质学试验的开发.
- 优化SureQuant PRM获取算法以提高性能.
- 测试对27种癌细胞模型和甲固定嵌 (FFPE) HNSCC组织的应用.
主要成果:
- 优化的试验量化了癌细胞模型中的35个NRF2响应蛋白.
- 在HNSCC组织中,NRF2信号强度与NRF2激活突变和SOX2表达相关.
- 确定了T细胞透和人类乳头瘤病毒 (HPV) 感染状态的生物标志物,并与之相关联.
- 该试验显示了高吞吐量,在90分钟内从FFPE组织中量化了600多个.
结论:
- 建立了一种临床可行的HNSCC蛋白生物标志物测定方法,使NRF2通路组件和临床标志物的快速量化成为可能.
- 该试验可以根据NRF2活性进行患者分层,并可能指导个性化治疗策略.
- 这种蛋白质学方法为HNSCC生物学提供了宝贵的见解,包括免疫逃避和病毒活动.
