用RefSeeker R包对RT-qPCR数据规范化候选参考的表达稳定性分析

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 反转录定量实时聚合酶链反应 (RT-qPCR) 对于RNA表达分析至关重要.
• 对RT-qPCR数据的准确规范化依赖于确定稳定的内源参考基因.
• 像RefFinder这样的现有工具提供了有价值的分析,但具有繁的界面.

研究的目的:

• 开发一个R包,RefSeeker,用于高效和用户友好的RefFinder分析.
• 为了方便确定稳定的内源参考,用于RT-qPCR数据规范化.
• 为从稳定性分析中创建准备发布的图表和表格提供工具.

主要方法:

• 开发了RefSeeker R包的开发工作.
• 整合了五种稳定性评估算法:Normfinder,geNorm,delta-Ct,BestKeeper和RefFinder. 这三种算法都在使用中.
• 实施原始数据导入和数据输出功能,用于图表和表格.
• 增加了一个步骤指南对话窗口,用于新手R用户.

主要成果:

• 通过RefSeeker,可以快速而简单地对候选内源引用进行稳定性分析.
• 该包支持编码 (mRNA) 和非编码 (miRNA) RNA表达研究的数据规范化.
• 生成准备发布的输出 (图表和表格),增强数据的呈现.

结论:

• RefSeeker显著提高了选择RT-qPCR参考基因的效率和方便性.
• 这个R包对于进行RNA表达分析的研究人员来说是一个有价值的工具.
• RefSeeker为具有不同R能力的用户提供了先进的参考基因验证.