一个统一的 FISH 空间转录组学管道
Cecilia Cisar1, Nicholas Keener1, Mathew Ruffalo2
1Department of Biomolecular Engineering, School of Engineering, University of California, Santa Cruz, Santa Cruz, CA 95064, USA.
Cell genomics
|September 18, 2023
概括
一个名为PIPEFISH的新管道标准化了用于光现场杂交 (FISH) 实验的空间转录组学分析. 这种开源工具可以改进MERFISH,seqFISH和目标实地测序 (ISS) 数据的转录注释.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 高通量空间转录学能够在细胞环境中进行mRNA表达分析.
- 缺乏标准化的分析工具阻碍了空间转录学中的可复制性和可访问性.
- 公司内部的工具往往记录不良,缺乏通用性.
研究的目的:
- 开发一个标准化,半自动化和可通用的管道,用于空间转录学数据分析.
- 为了改进光在现场杂交 (FISH) 基于空间转录学的转录注释.
- 为研究界提供公开可用和开源的工具.
主要方法:
- 扩大和改进现有的海星图书馆.
- 开发PIPEFISH,这是一个用于基于FISH的空间转录组学中转录注释的管道.
- 将PIPEFISH应用于MERFISH,seqFISH和针对性实地测序 (ISS) 数据集.
主要成果:
- 在三个不同的基于FISH的空间转录组数据集中成功注释了转录位置.
- 通过内部质量指标和正交RNA表达测量验证的高质量结果.
- 证明了PIPEFISH管道的通用性和稳定性.
结论:
- PIPEFISH提供了一个标准化和强大的解决方案,用于分析基于FISH的空间转录学数据.
- 该管道提高了空间转录学研究的可访问性和可重复性.
- PIPEFISH是一个有价值的开源资源,用于研究空间基因表达模式.
