通过生成的数据库GDB-13s扩大生物活性碎片空间.
Ye Buehler1, Jean-Louis Reymond1
1Department of Chemistry, Biochemistry and Pharmaceutical Sciences, University of Bern, Freiestrasse 3, 3012 Bern, Switzerland.
Journal of chemical information and modeling
|September 18, 2023
概括
药物化学家可以通过分析大型分子数据库来发现新的药物设计片段. 这项研究确定了简单的,可合成的环碎片 (RF) 和富含生物活性化合物的非循环碎片 (AF).
科学领域:
- 药用化学 医学化学
- 计算化学的计算化学
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- 经典分子序列在药物设计中存在局限性.
- 基于碎片的药物发现 (FBDD) 需要创新的分子碎片.
- 公共数据库为碎片识别提供了大量的化学多样性.
研究的目的:
- 为药物设计识别新型环碎片 (RF) 和非循环碎片 (AF).
- 在化学数据库中分析RF和AF的流行和生物活性丰富.
- 探索新型碎片在推进FBDD方面的潜力.
主要方法:
- 分子分解成RF (环原子+相邻原子) 和AF (非循环原子).
- 在公共数据库 (ZINC,PubChem,COCONUT) 和ChEMBL.中分析RF和AF.
- 在GDB-13s数据库 (9900万个分子) 中对RF和AF进行编目和分析.
主要成果:
- 在公开的分子和天然产品数据库中,高达13个原子的RF和AF普遍存在.
- 许多RF和AF与非活性化合物相比,在生物活性化合物中具有显著的丰富性.
- 在GDB-13s中发现了大量的新,简单和合成可访问的RF和AF.
结论:
- 新型RF和AF代表了创新药物设计的有希望的构建模块.
- 这些碎片为合成化学提供了为FBDD做出贡献的机会.
- 鉴定的片段可以帮助克服传统药物发现方法的局限性.


