供体白细胞数量的变化使得在用全血进行的转录基因生物标志物研究中使用常见的RNA测序数据规范化策略的错误
1Molecular Biomarker Core, Case Western Reserve University, 10900 Euclid Avenue, Cleveland, OH, 44106-4904, USA. grant.oconnell@case.edu.
Scientific reports
|September 19, 2023
概括
使用下一代测序对全血的基因表达分析需要仔细的正常化. 标准方法可以掩盖由于白细胞数量变化的生物差异,但通过测序深度进行简单的缩放可以保持真正的差异.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物医学科学 生物医学科学
背景情况:
- 使用下一代测序 (NGS) 进行全血基因表达研究是疾病生物标志物发现的常见方法.
- 现有的正常化技术往往假定类似的转录组组成,这可能不适用于全血,因为它的细胞动态.
研究的目的:
- 为了研究捐赠者白细胞计数对全血转录形状的影响.
- 评估不同数据规范化方法在保持NGS全血数据中的生物差异方面的有效性.
主要方法:
- 在138名人类受试者的全血样本上使用了NGS和流细胞计.
- 评估了四种常见的规范化方法 (中位数比率,m值的修剪平均值,定量规范化和测序深度缩放).
- 流细胞计数据作为细胞和分子身份的基准.
主要成果:
- 根据供体白细胞计数观察到的转录丰度和基因表达模式的显著差异.
- 中位数比率,m值的修剪平均值,和量子位数正常化掩盖了真正的生物变异.
- 测序深度缩放是唯一有效保存样本间生物差异的方法.
结论:
- 全血白细胞数量的变化显著影响基因表达特征.
- 标准的规范化方法可能不适合全血NGS数据,掩盖关键的生物学见解.
- 通过测序深度进行简单的缩放是全血NGS研究的推正常化策略,以保持生物完整性.
