一个大规模的LC-MS数据集,来自重水代谢标记的时间过程中的小鼠肝蛋白

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 生物化学 生物化学
• 分析化学 分析化学

背景情况:

• 使用重水 (H2O) 与液体染色学质谱学 (LC-MS) 结合的代谢稳定同位素标记对于体内蛋白质周转研究至关重要.
• 有许多算法用于分析时间的稳定同位素标记数据,以确定和蛋白质的周转率.
• 验证的基准数据集对于评估蛋白质组学新计算工具和实验技术的性能至关重要.

研究的目的:

• 为了生成和报告一个全面的,重水标记LC-MS数据集从小鼠肝脏.
• 提供一种资源,用于分析和验证体内蛋白质循环率.
• 促进定量蛋白质组学算法的开发和基准测试.

主要方法:

• 在体内代谢标记小鼠用重水 (H2O).
• 用小鼠肝脏组织制备样本.
• 液体染色学与质谱学 (LC-MS) 分析相结合.
• 使用d2ome+软件进行数据处理和数据库搜索.

主要成果:

• 一个包含十八个LC-MS/MS文件的数据集,来自九个不同的标签持续时间.
• 相关的数据库搜索结果和d2ome+软件的量化输出.
• 另外8个LC-MS/MS文件来自未标记样本的二维分离,用于比较.

结论:

• 报告的数据集是评估蛋白质周转率分析方法的关键基准.
• 该资源将帮助研究人员验证定量蛋白质组学中的新算法和技术.
• 这些数据支持了解生物系统中的蛋白质动态的进展.