对循环无细胞DNA提取质量控制方法的实验室间评估
Alison Devonshire1, Gerwyn Jones1, Ana Fernandez Gonzalez1
1Molecular and Cell Biology Team, National Measurement Laboratory (NML), LGC, Teddington, Middlesex, UK.
New biotechnology
|September 20, 2023
概括
这项研究引入了核酸峰值控制,用于从液体活检中分离循环无细胞DNA (ccfDNA) 的质量控制. 该方法通过标准化cfDNA提取和质量评估来确保准确的诊断结果.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- 来自液体活检的循环无细胞DNA (ccfDNA) 分析在临床环境中越来越多地使用.
- 由于样品质量不一致和cfDNA缺乏标准化质量控制 (QC) 方法,诊断准确性受到阻碍.
- 标准化QC对于可靠的体外诊断试验至关重要.
研究的目的:
- 评估核酸入控制材料的质量控制和cfDNA分离的标准化.
- 开发和描述用于cfDNA提取的工艺中的QC材料.
- 评估尖端控制对cfDNA分析实验室间标准化的适用性.
主要方法:
- 设计和表征了一种带有外源DNA和cfDNA样片段的尖端材料.
- 将尖端材料纳入了血cfDNA提取协议.
- 在五个实验室的实验室间研究中,使用数字PCR (dPCR) 进行了量化尖端恢复.
- 评估了各种采血设备和cfDNA提取方法.
主要成果:
- 外源DNA的升并没有对内源cfDNA恢复产生负面影响.
- 入方法在各种提取协议中显示出一致的性能.
- 该方法有效地突出了不同提取技术之间的效率和可重复性差异.
- 数字PCR量化显示出高可重复性,变化系数一般低于5%.
结论:
- 开发的spike-in控制方法适用于标准化cfDNA分离的目的.
- 加速恢复,结合其他质量控制指标,可以随着时间的推移监控流程性能.
- 该方法支持基于cfDNA的诊断的外部质量评估.
- 标准化QC对于提高液体活检诊断的可靠性至关重要.
