旋风:一个可访问的管道来分析,评估和优化多参数细胞计数据
Ravi K Patel1, Rebecca G Jaszczak1, Kwok Im1,2,3
1UCSF CoLabs, University of California San Francisco, San Francisco, CA, United States.
Frontiers in immunology
|September 21, 2023
概括
细胞计量集群优化和评估 (Cyclone) 是一种用于分析复杂免疫细胞数据的新管道. 它简化了数据分析,优化了聚类,并有助于发现新的免疫细胞子集,以便更好地进行免疫学研究.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 计算生物学 计算生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 高维单细胞技术对于免疫学研究至关重要.
- 分析细胞计量数据需要计算密集的聚类和维度减少.
- 目前评估和优化这些分析的方法具有挑战性.
研究的目的:
- 引入细胞计量集群优化和评估 (气旋),一个综合分析管道.
- 为减少维度,聚类,评估和优化细胞计量数据提供工具.
- 为了方便分析和可视化各种细胞计量数据集.
主要方法:
- 开发了风分析管道.
- 集成的维度缩小,集群,评估和优化工具.
- 应用Cyclone对质量细胞计 (CyTOF),全谱光细胞计和多重免疫光 (IF) 数据.
主要成果:
- 旋风成功地回顾了在多个细胞计量平台上的黄金标准免疫细胞识别.
- 该管道使得淋巴细胞和单核细胞子集的无监督识别成为可能.
- 已识别的子集在各种情况下与独特的生物特征有关,包括癌症和传染病.
结论:
- 旋风是用于细胞计量数据分析的多功能和可访问的管道.
- 它优化和评估不同数据集的聚类.
- 该管道支持免疫学研究和生物发现.


