帕塞-seq:一个校准的多重复合试验,以促进假定拼接改变变异的临床分类
Matthew J O'Neill1, Tao Yang2, Julie Laudeman2
1Vanderbilt University School of Medicine, Nashville, TN.
medRxiv : the preprint server for health sciences
|September 21, 2023
概括
并行拼接效应测序 (ParSE-seq) 准确地评估了对RNA拼接的变异效应. 这种高通量测定有助于分类变异变体,改善SCN5A相关心律失常等疾病的遗传诊断.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 分子生物学分子生物学
- 心血管遗传学 心血管遗传学
背景情况:
- 在没有功能数据的情况下,在正规网站之外解释拼接变异的临床意义是具有挑战性的.
- SCN5A基因变异与心律失常有关,编码主要的心脏电压门通道.
研究的目的:
- 开发和验证一种高通量测试,即并行拼接效应测序 (ParSE-seq),用于评估由遗传变异引起的RNA拼接变化.
- 使用SpliceAI和ClinVar数据等计算工具来优先考虑候选拼接变体.
主要方法:
- 开发了ParSE-seq,一种多重小基因试验,通过高通量测序量对剪接的变异效应.
- 在SCN5A中使用HEK293细胞和诱导多能干细胞衍生的心肌细胞 (iPSC-CMs) 进行测试的变体.
- 通过自动贴片紧和CRISPR编辑的iPSC-CMs验证的发现.
主要成果:
- 帕尔SE-seq对iPSC-CM中的224个SCN5A变异和HEK293细胞中的244个变异显示了拼接效应,显示出高相关性 (R2=0.84).
- 该试验与ClinVar对良性和致病变体的分类有很高的一致性.
- 确定了许多干扰拼接的外来和内在变体,重新分类了意义不明的变体,并通过功能分析验证了发现.
结论:
- ParSE-seq是一种校准的,多重复合的,用于功能拼接变体分类的高通量测试.
- 该测试有助于重新分类具有不确定的或相互矛盾的解释的变异,提高遗传诊断的准确性.
