在废水中测量和区分SARS-CoV-2变种,以进行监测
Teresa Kumblathan1, Yanming Liu1, Xiaoli Pang2,3
1Division of Analytical and Environmental Toxicology, Department of Laboratory Medicine and Pathology, Faculty of Medicine and Dentistry, University of Alberta, Edmonton, Alberta, Canada T6G 2G3.
Environment & health (Washington, D.C.)
|September 22, 2023
概括
废水监测有效监测了加拿大两个城市的SARS-CoV-2变种. 这种方法精确追踪了阿尔法,贝塔,玛,三角洲和Omicron菌株,与临床数据保持一致,以获得社区级感染洞察力.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 污水监测对于社区层面监测SARS-CoV-2等传染病至关重要.
- 追踪SARS-CoV-2令人担忧的变种 (VOCs) 对于了解传播动态和告知公共卫生反应至关重要.
研究的目的:
- 确定和区分来自加拿大两个主要城市的废水样本中的SARS-CoV-2及其VOC.
- 评估一种新的废水监测方法,用于在两年内检测和跟踪病毒变异.
主要方法:
- 分析了2021年5月至2023年3月期间收集的294个废水样本.
- 使用电子阴性膜来提取病毒,磁珠用于RNA稳定和度,以及直接RNA分析.
- 采用多重反转录定量聚合酶链反应 (RT-qPCR) 试验,以特定突变为向变体差异化,包括Omicron子系的三重试验.
主要成果:
- 在废水样本中成功检测和区分了Alpha,Beta,Gamma,Delta和Omicron变种.
- 奥米克朗三重RT-qPCR试验显示高效率 (90-104%) 和低检测极限 (28RNA拷贝/反应).
- 废水变种趋势与临床报告密切相似,在感染浪潮开始时,废水中出现了变种,有时在临床病例检测之前.
结论:
- 开发的废水监测策略和敏感的RT-qPCR测定对监测SARS-CoV-2VOCs有效.
- 这种方法在社区生物监测中对新出现的SARS-CoV-2变种和其他病原体的早期检测充满希望.
- 废水监测为了解传染病传播提供了一个有价值的,补充临床数据的工具.
