福利埃变换红外光谱法用于定型抗万科素Enterococcus faecium:性能分析和疫情调查调查
T C Scheier1, J Franz1, M Boumasmoud1,2
1Department of Infectious Diseases and Hospital Epidemiology, University Hospital Zürich, University of Zurich, Zurich, Switzerland.
Microbiology spectrum
|September 22, 2023
概括
富里埃变换红外光谱法 (FT-IR) 提供了一种快速且负担得起的方法,用于调查抗万科胺素抗性肠球菌 (VREfm) 爆发. 这种技术与全基因组测序具有很高的一致性,在临床环境中证明了对细菌类型的有效性.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 传染性疾病 传染性疾病
- 频谱学是一种光谱学.
背景情况:
- 抗万科胺素的肠球菌,主要是肠球菌 (Enterococcus faecium,VREfm),是导致医院感染和疫情的重要原因.
- 目前用于疫情调查的细菌类型化方法,如MLST和WGS,通常是昂贵和耗时的.
- 需要可访问,快速和可靠的VREfm类型的方法来帮助控制感染.
研究的目的:
- 评估富里埃变换红外光谱 (FT-IR) 作为一种用于调查抗万素抗性肠球菌 (VREfm) 爆发的工具的有效性.
- 评估FT-IR光谱的性能特征,包括可重现性和化时间的影响.
- 为了比较FT-IR光谱的区分能力和集群协议与既有方法,如全基因组测序 (WGS) 和多位置测序类型 (MLST).
主要方法:
- 进行了FT-IR光谱学的基本性能评估,评估了可重现性和化时间对不同样本集的影响.
- 确定了FT-IR光谱学的切断范围.
- 在回顾性 (n=92个分离物) 和前性 (n=15个分离物) 疫情数据集中,研究了FT-IR光谱和WGS (使用0.999的平均核酸标识切线) 之间的集群协议.
主要成果:
- 基本性能分析表明FT-IR光谱学的结果是可重复的.
- 在临床疫情调查中,FT-IR光谱与WGS-ANI分析具有很高的一致性,V-测量值为回顾性疫情的0.772和前性疫情的1.000.
- 与MLST相比,FT-IR光谱在疫情调查中表现出更高的歧视力.
结论:
- FT-IR光谱是一种有前途,经济实惠,易于使用的技术,用于VREfm疫情调查,提供不到一天的周转时间.
- 该方法与基于WGS的类型表达有很高的一致性,并且对MLST具有更高的区分能力.
- 有了确定的切线值,FT-IR光谱学可以有效地协助物种歧视和疫情分析.
