通过全转录组综合分析识别尿液细胞外囊泡在糖尿病病中差异表达的RNA
Zihao Zhao1, Qianqian Yan1, Li Fang1
1Department of Integrated Traditional and Western Nephrology, The First Affiliated Hospital of Zhengzhou University, Zhengzhou, 450052, PR China; Institute of Nephrology, Zhengzhou University, Zhengzhou, 450052, PR China; Henan Province Research Center for Kidney Disease, Zhengzhou, 450052, PR China; Key Laboratory of Precision Diagnosis and Treatment for Chronic Kidney Disease in Henan Province, Zhengzhou, 450052, PR China; Academy of Medical Science, Zhengzhou University, Zhengzhou, 450052, PR China.
Computers in biology and medicine
|September 22, 2023
概括
2型糖尿病脏病 (T2DN) 患者的尿液细胞外囊 (UEV) 含有RNA的整个转录组. 这些UEV显示出作为诊断T2DN的非侵入性生物标志物的潜力.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 糖尿病病 (DN) 是全球慢性病的主要原因.
- 尿液细胞外囊泡 (uEVs) 由于它们的RNA载荷,显示出作为DN的非侵入性生物标志物具有前途.
研究的目的:
- 调查uEVs在2型糖尿病病 (T2DN) 中的全转录组RNA含量.
- 从uEVRNA配置文件中识别T2DN的潜在诊断生物标志物.
主要方法:
- 从24名参与者 (12名T2DN,12名T2DM) 中分离的UEV.
- 进行并行微阵列 (mRNAs, lncRNAs, circRNAs) 和下一代测序 (miRNAs).
- 使用生物信息分析,包括CIBERSORTx,ssGSEA和网络建设;验证的候选生物标志物.
主要成果:
- 在T2DN患者的UEV中,与T2DM患者相比,在mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA资料中发现了显著的差异.
- 建立了一个调节网络,并确认了候选基因MYO1C和SP100的表达.
- 选择了6个RNA分子 (2个circRNA,2个miRNA,2个lncRNA),通过机器学习证明了T2DN的诊断潜力.
结论:
- 本研究提出了对T2DN患者UEVs的第一个全面的转录组分析.
- 这些发现支持uEVRNA相互作用的作用,并突出了它们作为糖尿病病诊断生物标志物的潜力.
