通过CUT&Tag对甲固定式嵌入样本进行表观基因组分析

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 嵌入式甲固定 (FFPE) 是一种用于保存生物样品的标准.
• FFPE处理可能会损害染色质,阻碍表观基因组分析.
• 像CUT&Tag这样的先前方法对FPE样本有局限性.

研究的目的:

• 调整CUTAC协议用于FPE样本的表观基因组分析.
• 从FFPE组织中生成高分辨率的色素可访问性地图.
• 评估FFPE-CUTAC在生物标记物识别和临床应用中的实用性.

主要方法:

• 根据针对性可访问染色体 (CUTAC) 协议对FFPE样本进行修改的切割.
• 该协议在单管中和直接在幻灯片上应用.
• 在调控元素中对暂停的RNA聚合酶II进行分析.

主要成果:

• 从FFPE样本生成了高分辨率的表观基因组图.
• 基于调节元素,FFPE-CUTAC成功地区分了小鼠脑瘤.
• 高精度识别和映射调节元素标记物,包括microRNAs.
• 在存档的FFPE标本上证明了表观遗传学分析的可行性.

结论:

• 修改后的CUTAC协议 (FFPE-CUTAC) 允许对FFPE样本进行可靠的表观基因组分析.
• 这种方法克服了与FFPE制剂相关的染色质损伤问题.
• FFPE-CUTAC促进生物标志物发现和使用档案组织进行回顾性临床研究.