作为一个空间 - 原子的 Colocatome 揭示了瘤 - 流体组合体和人类肺癌之间共享的微环境特征
Gina Bouchard1, Weiruo Zhang1, Irene Li1
1Department of Biomedical Data Science, Stanford University, Stanford, CA 94305, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|September 25, 2023
概括
研究人员开发了一种新的"colocatome"分析,用于研究肺癌模型中的空间相互作用. 这种方法揭示了纤维细胞如何通过改变瘤微环境来保护癌细胞,为新的治疗提供了洞察力.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 计算生物学 计算生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 在患者衍生癌症模型和临床样本中对空间特征的定量分析至关重要.
- 了解瘤微环境 (TME) 相互作用是开发有效癌症疗法的关键.
研究的目的:
- 引入一种新的计算框架",colocatome",用于量化癌细胞和纤维细胞之间的空间相互作用.
- 为了比较TME在体外模型和人类肺腺癌 (LUAD) 临床标本中的空间组织.
主要方法:
- 从LUAD临床样本和患者衍生的瘤-流层组合物中获取多重免疫光成像并进行分析.
- 开发了"colocatome"概念,通过使用顺序分析的规范化策略扩展了同位分数 (CLQ).
- 纤维细胞亚群的比较 (瘤邻近纤维细胞;TAF和瘤核心纤维细胞;TCF) 以及它们与恶性细胞的空间关系.
主要成果:
- "colocatome"分析显示,TAF和TCF都能保护LUAD细胞免受向治疗的影响.
- 纤维细胞介导的保护是通过瘤-瘤细胞架构的重组发生的,而不是细胞异质性或选择.
- 组合体"colocatome"成功地重复了在LUAD临床样本中发现的TME细胞架构.
结论:
- "体"作为一个强大的空间-原子维度用于分析癌症中复杂的细胞相互作用.
- 在体外的瘤-流体组合物与它们的"colocatome"可以准确地建模临床的LUAD TME.
- 这种空间分析框架有可能指导肺腺癌的翻译研究和治疗策略.
