算法重建的分子通路作为人类固体癌症新一代预后分子生物标志物的新一代
Marianna Zolotovskaia1,2,3, Maks Kovalenko1, Polina Pugacheva1
1Laboratory for Translational Genomic Bioinformatics, Moscow Institute of Physics and Technology (State University), 141701 Dolgoprudny, Russia.
Proteomes
|September 27, 2023
概括
算法路径分析揭示了新的癌症生物标志物. 基因中心的途径优于RNA生物标记物的个体基因,为手工途径构建提供了一个新的替代方案.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 个体基因表达和分子通路激活是已知的癌症生物标志物.
- 目前的分子路径生物标志物通常来自耗时的,以假设为导向的手动策划.
研究的目的:
- 通过使用人类交互原子模型算法生成新的分子路径.
- 为了比较这些新的基因中心途径与"古典"途径和个体基因的生物标志物潜力.
- 评估与瘤类型和RNA和蛋白质组数据的存活率的途径关联.
主要方法:
- 利用人类交互原子模型以算法构建7470个基因中心的分子通路.
- 在8141个RNA和1117个蛋白质组样本中分析了与瘤类型和存活率的关联.
- 与3022个古典途径和个体基因转录/蛋白质特征的性能比较.
主要成果:
- 与单个基因相比,基因中心的途径产生了显著更高的RNA生物标志物的百分比 (p < 0.05).
- 基因中心和古典途径都显示出可比性能的表现.
- 蛋白质组数据显示,与转录组数据相比,生存生物标志物的比例较低.
结论:
- 途径激活水平代表了RNA和蛋白质组数据的先进生物标志物类型.
- 算法路径生成为生物标志物发现提供了可信和有效的替代手动路径策划.


