内部控制基因的选择和验证,用于在不同条件下的Phlebopus portentosus基因表达的定量实时RT‒qPCR正常化
Chen-Menghui Hu1, Chen-Li Zhou1, Jia-Ning Wan1
1Key Laboratory of Agricultural Genetics and Breeding of Shanghai, National Engineering Research Center of Edible Fungi, Key Laboratory of Edible Fungal Resources and Utilization (South), Institute of Edible Fungi, Shanghai Academy of Agricultural Sciences, Shanghai, China.
PloS one
|September 27, 2023
概括
这项研究确定了可食用Phlebopus portentosus中准确基因表达分析的稳定参考基因. 突出显示Synaptobrevin (SYB) 是一种新的,可靠的P. portentosus研究参考基因.
科学领域:
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- (Phlebopus portentosus) 是一种有价值的食用,以它是唯一一个实现了体外培养的为标志.
- 基因表达分析对于理解食用真菌中复杂的生物过程至关重要.
- 可靠的RT-qPCR结果取决于选择适当的参考基因.
研究的目的:
- 识别和验证稳定的参考基因,以便在Phlebopus portentosus中进行准确的基因表达分析.
- 评估候选家政基因在不同发育阶段和条件中的表达稳定性.
- 为准确量化P. portentosus. 的基因表达建立基础.
主要方法:
- 从25个家政基因中选择了12个候选参考基因,这些基因基于来自3个发育阶段的转录组数据.
- 使用geNorm,NormFinder和RefFinder算法评估基因表达稳定性.
- 分析了各种条件和发育阶段的基因表达.
主要成果:
- 确定了MSF1域含蛋白 (MSF1),synaptobrevin (SYB),基激活蛋白激酶基因 (MAPK),TATA结合蛋白1 (TBP1) 和SPRY域蛋白 (SPRY) 作为最稳定的参考基因.
- 确定延长因子1-alpha (EF1),actin和泛基素结合酶 (UBCE) 是最不稳定的.
- 验证了SYB作为P. portentosus的新型和可靠的参考基因.
结论:
- 建议MSF1,SYB,MAPK,TBP1和SPRY作为P. portentosus基因表达研究的稳定基因参考基因.
- 证实SYB是这种物种的新型和高度稳定的参考基因.
- 这项研究为选择参考基因和改善P. portentosus.中的基因表达量化提供了关键的见解.
