小鼠中枢神经系统的空间地图以分子分辨率
Hailing Shi1,2, Yichun He1,3, Yiming Zhou1,2
1Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA.
Nature
|September 27, 2023
概括
研究人员使用STARmap PLUS绘制了小鼠大脑和脊髓中的100多万个细胞, 这种细胞类型的空间图谱揭示了新的大脑结构,
科学领域:
- 神经科学
- 基因组学
- 生物信息学
背景情况:
- 了解大脑解剖学和功能需要在3D中绘制分子细胞类型.
- 单细胞RNA测序描述了细胞类型,但缺乏空间组织数据.
研究的目的:
- 创建成年老鼠大脑和脊髓的高分辨率3D分子图谱.
- 开发一个系统的分子空间细胞类型命名法.
- 将空间转录学与现有地图集集成为一个全面的资源.
主要方法:
- 使用STARmap PLUS,一种现场测序方法,以纳米级分辨率在3D中描述1022个基因.
- 在成年老鼠大脑和脊髓中绘制出超过109万个细胞.
- 开发了用于细胞细分,聚类,注释和空间利基分析的计算管道.
主要成果:
- 标注了230种分子细胞类型和106个分子组织区域.
- 发现了超出已知大脑解剖学的新组织结构.
- 整合了STARmap PLUS数据与单细胞RNA测序图谱,以归纳11,844个基因.
- AAV-PHP.eB转基因输送工具的细分病毒热点.
结论:
- 这项研究提供了一个全面的单细胞资源,整合了分子空间地图,大脑解剖学和基因操纵可访问性.
- 这种资源有助于我们更好地了解哺乳动物中枢神经系统的分子组织.
- 开发的地图是未来神经科学研究和治疗发展的基础.
