在使用综合生物信息学和机器学习的低和高肌肉内脂肪含量猪潜在的性别特异性生物标志物的识别
Yongli Yang1, Xiaoyi Wang1, Shuyan Wang1
1Faculty of Animal Science and Technology, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China.
Genes
|September 28, 2023
概括
研究人员确定了猪肌内脂肪 (IMF) 沉积的性别特异性生物标志物. 这些发现为国际货币基金组织监管提供了新的见解,并可以通过有针对性的育种战略来改善猪肉质量.
科学领域:
- 动物遗传学和动物繁殖
- 分子生物学分子生物学
- 肉类科学 肉科学
背景情况:
- 肌肉内脂肪 (IMF) 含量显著影响猪肉的质量.
- 遗传和品种因素影响国际货币基金组织的存款,但性别特定的角色仍未得到充分探索.
- 了解国际货币基金组织的监管对于提高养猪计划中的肉质量至关重要.
研究的目的:
- 为了确定与猪体IMF沉积相关的性别特异性生物标志物.
- 调查IMF内容变化背后的分子机制.
- 通过遗传选择为改善猪肉质量提供基础.
主要方法:
- 从低和高IMF猪种群的GSE144780基因表达数据集的分析.
- 鉴定差异表达基因 (DEGs) 和蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络构建.
- 应用最少绝对收缩和选择操作员 (LASSO) 机器学习算法来选特定性别生物标志物,然后进行qRT-PCR验证.
主要成果:
- 在低IMF的猪中确定了162个DEG,在高IMF的猪中确定了202个DEG.
- 发现了潜在的性别特异性生物标志物:TNNI1,MYL9,SERPINC1在低IMF猪和CD4,CD2,AOC2在高IMF猪中.
- 使用qRT-PCR验证了生物标志物,并进行了基因组丰富分析.
结论:
- 在猪身上发现了IMF沉积的潜在的性别特异生物标志物.
- 这些生物标志物可能会阐明IMF积累的分子机制.
- 这些发现为制定通过育种改善猪肉质量的战略提供了基础.
