测量:将TapeStation 4200和Bioanalyzer 2100作为死后人类大脑样本中RNA质量的测量工具的比较
Jessica E Walker1, Javon C Oliver1, Analisa M Stewart1
1Banner Sun Health Research Institute, Sun City, AZ 85351, USA.
International journal of molecular sciences
|September 28, 2023
概括
来自Agilent生物分析器的RNA完整性号码 (RIN) 和来自TapeStation的RIN等值 (RINe) 不是可以互换的. 我们的研究发现弱相关性,表明独立的切断值计算是必要的准确的RNA质量评估.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物技术是生物技术.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 对于可靠的基因表达研究来说,RNA完整性至关重要,直接影响实验成功.
- 自1999年以来,Agilent 2100生物分析仪的RNA完整性号码 (RIN) 已成为黄金标准,使用1-10级.
- 阿吉伦特的4200 TapeStation引入了一个RIN等价值 (RINe),声称与RIN有很强的相关性.
研究的目的:
- 为了评估Agilent 4200磁带机的RINe和DV200指标与Agilent 2100生物分析仪的RIN之间的声称相关性.
- 为了确定RNA质量评估中RIN和RINe值是否可互换.
主要方法:
- 对183个人类死后大脑样本的并行RNA完整性评估.
- 将Agilent 2100生物分析仪RIN值与Agilent 4200磁带站RINe和DV200值进行比较.
- 统计分析包括相关系数 (r2) 和平均差异.
主要成果:
- 在RIN和RINe之间观察到较弱的相关性 (r2 = 0.393),平均差异为3.2 RIN单位.
- DV200与RIN (r2 = 0.182) 和RINe (r2 = 0.347) 的相关性较弱.
- 使用RIN截止值为6.5,95.6%的样本通过了RIN,而RINe只有23.5%.
结论:
- 尽管使用相同的1-10级,但RIN和RINe值是不可互换的.
- 对于RIN和RINe来说,独立的切线值确定是必不可少的,以确保准确的RNA质量评估.
- 这些发现突出了Bioanalyzer和TapeStation平台之间的RNA质量评估中的潜在差异.
