从瘤活检样本中制备单细胞悬浮液,用于单细胞RNA测序
A A Frolova1,2, T S Gerashchenko3, M R Patysheva3,4
1Cancer Research Institute, Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences, Tomsk, Russia. frolova_aa@onco.tnimc.ru.
Bulletin of experimental biology and medicine
|September 28, 2023
概括
从瘤活检中制备高质量的单细胞悬浮液对于使用单细胞RNA测序进行癌症研究至关重要. 这项研究优化了一种使用机械解离和酶治疗的方法,以提高细胞活力.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 是癌症研究的一个强大的工具.
- 高质量的单细胞悬浮剂对于可靠的scRNA-seq数据至关重要.
- 瘤组织解离在维持细胞活力方面存在挑战.
研究的目的:
- 分析和开发方法,从瘤活检标本制备单细胞悬浮剂.
- 为了达到至少80%的scRNA-seq.q.活性的细胞悬浮.
- 为了优化癌症的样本准备 scRNA-seq.q.
主要方法:
- 评估各种瘤分离技术.
- 优化机械解离的方法.
- 用原酶/氨基酶和DNAase I进行化60分钟.
主要成果:
- 确定了瘤组织解离的最佳条件.
- 在单细胞悬浮剂中达到高细胞活力 (≥80%).
- 开发了一个强大的协议,用于为scRNA-seq.q.准备样本.
结论:
- 优化的方法可确保从瘤活检中获得高质量的单细胞悬浮体.
- 该协议提高了癌症scRNA-seq研究的可靠性.
- 有效的样本准备是推动scRNA-seq.癌症研究的关键.
