新鲜和冷的心脏组织在DNA甲基化阵列β值方面是可比的,但甲固定,嵌入的组织可能会高估DNA甲基化水平
Mikkel Eriksen Dupont1, Stine Bøttcher Jacobsen2, Steffan Noe Niikanoff Christiansen2,3
1Section of Forensic Genetics, Department of Forensic Medicine, Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark. mdupont@sund.ku.dk.
Scientific reports
|September 29, 2023
概括
新鲜的心脏组织是DNA甲基化研究的理想选择,但常常使用冷和FFPE组织. 冷和FFPE组织产生可重现的DNA甲基化结果,冷组织与新鲜组织的发现密切相匹配.
科学领域:
- 心血管生物学 心血管生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 分子病理学分子病理学
背景情况:
- 研究心脏组织中的DNA甲基化对于理解心脏生物学和疾病至关重要.
- 新鲜的心脏组织是最优的,但很难获得,这导致了冷或固定在甲上,嵌入 (FFPE) 组织的普遍使用.
- 组织存储方法对心脏组织中DNA甲基化模式的影响尚不清楚.
研究的目的:
- 为了比较新鲜,冷和FFPE心脏组织中的DNA甲基化模式.
- 为了确定组织存储方法是否会影响DNA甲基化分析结果.
- 评估冷和FFPE组织对于DNA甲基化研究的适用性.
主要方法:
- 使用Infinium MethylationEPIC试验进行全基因组DNA甲基化概况.
- 分析了来自9个人的新鲜,冷和FFPE心脏组织样本.
- 评估DNA甲基化水平和可重复性在不同的存储条件.
主要成果:
- 与新鲜组织相比,固定在甲中,嵌入在中 (FFPE) 的样本显示过高估计的DNA甲基化水平为CpG位点的21.4%,低估水平为5.7%.
- 冷和FFPE组织在DNA甲基化模式分析中显示出高可重现性.
- 发现冷组织的DNA甲基化模式与新鲜组织的DNA甲基化模式相似.
结论:
- 冷和FFPE组织提供可复制的DNA甲基化数据.
- 冷心脏组织是用于DNA甲基化研究的新鲜组织的可行替代品,产生类似的结果.
- 虽然FFPE组织提供可复制性,但DNA甲基化水平的潜在高估需要在数据解释中仔细考虑.
