条形码细胞内逆转录使得高通量表型合T细胞受体分析成为可能
Sahana Jayaraman1, Janelle M Montagne2, Thomas R Nirschl3
1Institute for Cell Engineering, Division of Immunology, Department of Pathology, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA; Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA.
Cell reports methods
|September 30, 2023
概括
我们开发了INCERTS,这是一种将T细胞受体 (TCR) 序列与细胞表型联系起来的新方法. 这种方法有效地处理数百万个细胞,使得发现抗原特异性TCR可以用于癌症疫苗开发.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 描述适应性免疫反应需要将细胞表型与T细胞受体 (TCR) 和B细胞受体 (BCR) 序列联系起来.
- 目前这种分析方法的样本吞吐量低,成本高,限制了它们的广泛应用.
研究的目的:
- 引入INtraCEllular Reverse Transcription with Sorting and Sequencing (INCERTS),一种新的高通量,高成本效益的TCR/BCR序列与细胞表型的关联测定方法.
- 为了证明INCERTS在用新型突变KRAS接种疫苗的癌症患者中识别抗原特异性TCR的能力.
主要方法:
- INCERTS将完整细胞内的受体谱的分子索引与光激活细胞分类 (FACS) 结合起来.
- 数以百万计的细胞从汇集的人类外周血液单核细胞 (PBMC) 样本进行了处理.
- 在实体刺激后,使用FACS. 28个条码样本被聚合并分类为反应性和非反应性CD4+和CD8+群体.
- 综合了患者匹配的补充单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 数据.
主要成果:
- INCERTS能够有效地处理数百万个细胞,同时保持TCR序列和细胞表型之间的强大关联.
- 该方法成功地在用突变KRAS疫苗免疫的癌症患者中识别了抗原特异性TCR.
- 为了治疗验证,检索了全长,配对的TCRα和β链序列.
结论:
- INCERTS提供了一种强大而高效的方法,用于对适应性免疫反应的高通量分析.
- 这种方法有助于发现抗原特异性TCRs,这对于开发向免疫疗法和疫苗至关重要.
- 在癌症疫苗环境中的成功应用突显了INCERTS在推进翻译免疫学研究方面的潜力.
