自动化高通量查常见豆中抗炭素的检测,使用异位基因特异性PCR

科学领域:

• 植物育种和遗传学 植物育种和遗传学
• 农业生物技术 农业生物技术
• 分子诊断学 分子诊断学

背景情况:

• 常见豆 (Phaseolus vulgaris L.) 是全球蛋白质和卡路里来源.
• 由Collettotrichum lindemuthianum引起的炭,显著降低了普通豆的产量.
• 对抗炭素耐药性标记物的遗传查有助于开发改进的豆品种.

研究的目的:

• 开发和验证使用液体处理机器人 (LHR) 进行自动DNA提取和KASP检测的协议.
• 为了减少在普通豆种植中高通量基因查所需的活跃人类时间.
• 为了比较手动和自动的KASP测试结果,用于人类毒素抗性标记物.

主要方法:

• 使用LHR开发了DNA提取和KASP测试热循环的协议.
• 通过使用四种花糖KASP标记,选了12种常见豆差异品种.
• 将手动与LHR辅助查进行比较,以提高时间效率和KASP调用准确度.

主要成果:

• 该LHR协议将24个样本的活跃人体查时间从3小时44分钟缩短到1小时23分钟.
• 对于已知的耐药性基因,KASP呼叫在复制品中是一致的,但显示出精度的变化.
• 使用LHR的自动化KASP测定能够在最小的实践时间内进行高吞吐量数据积累.

结论:

• 液体处理机器人显著加快了耗时的实验室程序,如DNA提取和PCR板的准备.
• 植物育种器 (LHR) 促进了基因标记选工具的高通量应用,例如KASP测试,用于植物育种.
• 使用LHR的自动化提高了大样本大小对所需遗传特征的选效率.