MINI-AC:使用批量或单细胞可访问的染色体配置文件推断植物基因调节网络
Nicolás Manosalva Pérez1,2, Camilla Ferrari1,2, Julia Engelhorn3,4
1Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University, 9052, Ghent, Belgium.
The Plant journal : for cell and molecular biology
|October 3, 2023
概括
我们开发了MINI-AC,一种使用可访问的染色质数据推断植物基因调节网络 (GRNs) 的新方法. MINI-AC准确地识别了转录因子相互作用,进步了我们对植物基因调节和农业特征的理解.
科学领域:
- 植物生物学 植物生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基因调节网络 (GRNs) 控制植物的重要过程,如生长和应激反应.
- 识别GRNs对于理解农业特征至关重要.
- 可访问色素 (AC) 技术揭示了调节性DNA,但推断GRNs仍然具有挑战性.
研究的目的:
- 开发一种使用可访问的染色质数据推断植物GRNs的新计算方法.
- 为了验证该方法在模型和作物植物中的性能.
- 为了确定细胞类型特定的调节者,参与重要的植物通路.
主要方法:
- 开发了MINI-AC (基于可访问的染色体的动机信息网络推断).
- 结合了批量或单细胞AC数据与转录因子结合部位 (TFBS) 信息.
- 与使用Arabidopsis thaliana和玉米数据集的现有方法进行基准测试.
主要成果:
- MINI-AC准确地识别了转录因子的结合部位.
- 成功推断出玉米叶GRNs,包括远端TF-目标相互作用.
- 确定了玉米中C4代谢的一般和细胞类型特定调节剂.
结论:
- MINI-AC是用于在植物中准确的AC衍生GRN推断的强大工具.
- 该方法有助于识别已知的和新的候选监管机构.
- 增强对植物生长,开发和农业中的基因调节的理解.
