从全基因组再测序中预测的 (Sorghum bicolor) 成熟 (Ma) 和矮人 (Dw) 基因中的有害突变

科学领域:

• 植物遗传学和育种方法
• 基因组学就是基因组学.
• 农作物科学 农作物科学

背景情况:

• 成熟度 (Ma) 和矮 (Dw) 位置控制的关键特征[Sorghum bicolor (L.) Moench],即开花时间和植物高度.
• 这些特征对于开发适合特定成熟时间和收获技术的 Sorghum 意识形态至关重要.
• 了解这些位置的遗传变异对于作物改进和多样化至关重要.

研究的目的:

• 通过in silico分析,在8个关键的果成熟度和矮人位点确定新型和先前表征的功能丧失等位基因.
• 为了分析Ma1,Ma2,Ma3,Ma5,Ma6,Dw1,Dw2和Dw3基因中的基因组变异,在一个大型的子生殖质集合中.
• 评估已识别的等位基因在种育种计划中操纵开花时间和植物高度的潜力.

主要方法:

• 在860个加入的全基因组再测序数据的in silico分析.
• 在目标成熟和矮基因内识别和评估单核酸多态 (SNPs) 和插入/删除 (InDels).
• 预测已识别的基因组变异对编码的蛋白质的功能影响.

主要成果:

• 在8个分析的基因位点中发现了1445种基因变异,包括新发现的无意义,移和误解突变.
• 有相当数量的加入在多个Ma和Dw位点拥有预测的功能丧失等位基因.
• 值得注意的是,146个和463个加入分别在Ma和Dw位点缺乏预测的突变基因,这表明了不同的遗传背景.

结论:

• 在中发现的新型和已知的功能丧失等位基因成熟和矮人基因提供了宝贵的遗传资源.
• 这些等位基因可以被利用来精确控制开花时间和植物高度,从而使多种子品种的发展成为可能.
• 这种遗传变异对于为谷物,甜品和料/生物质应用量身定制的类型的育种至关重要.