INVADEseq以单细胞级分辨率识别细胞附着或侵入性细菌和相关宿主转录组
Jorge Luis Galeano Niño1, Hanrui Wu1, Kaitlyn D LaCourse1
1Human Biology Division, Fred Hutchinson Cancer Center, Seattle, WA, USA.
Nature protocols
|October 3, 2023
概括
一种新方法,INVADEseq,使单细胞RNA测序能够检测人类瘤中的细菌. 这种方法捕获了宿主和微生物RNA,揭示了细胞异质性和宿主对细菌的反应.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNAseq) 对于理解瘤微环境异质性至关重要.
- 标准的scRNAseq方法往往错过了瘤中的细菌,因为细菌RNA中缺乏多A尾.
- 内细菌越来越被认为是瘤微环境的重要组成部分.
研究的目的:
- 开发一种scRNAseq方法,能够同时在单细胞内对宿主和微生物RNA进行分析.
- 为了识别瘤中特定的人类细胞类型内的细菌存在.
- 为了研究宿主对内细菌的转录反应.
主要方法:
- 调整了10x Genomics 5' scRNAseq协议,添加了针对细菌16S核糖体RNA的初始剂.
- 在单细胞分辨率下同时生成真核细胞和细菌RNA库.
- 应用INVADEseq方法的人类癌细胞系和患者瘤样本.
主要成果:
- 在瘤样本中,INVADEseq成功检测并识别了人体细胞内的细胞内细菌.
- 该方法量化了人类细胞中含有细菌的比例.
- INVADEseq揭示了由相关细菌的存在调节的宿主转录程序.
结论:
- INVADEseq是一种可靠的工具,用于同时分析瘤中的宿主和微生物单细胞转录组.
- 这种方法增强了对瘤微环境中的宿主微生物相互作用的理解.
- INVADEseq为细菌在癌症生物学中的作用提供了新的见解.
