鉴定和评估适合的参考基因RT-qPCR分析在Trichoderma atroviride在不同的光照条件下
Daniel Flatschacher1, Alexander Eschlböck2, Susanne Zeilinger2
1Department of Microbiology, University of Innsbruck, Technikerstraße 25, 6020, Innsbruck, Austria. daniel.flatschacher@uibk.ac.at.
Fungal biology and biotechnology
|October 3, 2023
概括
在Trichoderma atroviride中确定RT-qPCR的稳定参考基因对于准确的基因表达分析至关重要. 这项研究发现,在不同的光线条件下,GAPDH和VMA1等特定基因是可靠的.
科学领域:
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
- 分子生物学分子生物学
- 植物病理学 植物病理学
背景情况:
- 特里科德玛 (Trichoderma atroviride) 是一种重要的土壤传播的真菌寄生虫真菌,被用作生物控制剂.
- 在T. atroviride中精确的基因表达分析受到验证参考基因的缺乏所阻碍.
- 环境因素,特别是光线,显著影响真菌生理学和基因表达.
研究的目的:
- 在不同的光照条件下,在T. atroviride中识别RT-qPCR的稳定基因.
- 为了确保可靠和准确的基因表达造型在这个重要的菌寄生真菌.
- 为在T. atroviride中进行强有力的分子研究提供基础.
主要方法:
- 使用已确定的统计算法对候选参考基因的评估.
- 在循环光暗和完全黑暗条件下对基因表达的RT-qPCR分析.
- 在不同的实验设置中对基因稳定性的比较.
主要成果:
- 在循环光暗状态下:tbp和rho最稳定;act1,fis1,btl,sar1最不稳定.
- 在完全黑暗下:tef1和vma1是最稳定的;act1,rho,fis1,btl是最不稳定的.
- 在这两种条件中:gapdh和vma1是最稳定的;sar1和fis1是最不稳定的.
- 参考基因选择显著影响了目标基因 (pks4,lox1) 的相对表达.
结论:
- 对参考基因的验证对于准确的真菌基因表达研究至关重要.
- 建议GAPDH和VMA1作为T. atroviride在不同光线下稳定的参考基因.
- 这些发现提高了RT-qPCR数据在T. atroviride研究中的可靠性.
