分析蛋白质中的阴阳芳香相互作用:阴阳芳香数据库V2.0
Y Bhargav Kumar1,2, Nandan Kumar1, Lijo John1
1Advanced Computation and Data Sciences Division, CSIR-North East Institute of Science and Technology, Jorhat, Assam, India.
更新后的阴阳芳香数据库 (CAD) 现在包括来自蛋白质结构的超过2700万个阴阳芳香基因. 它详细介绍了相互作用,特别是金属离子与histidine的结合,并揭示了诸如HIS-HIS.这样的流行动机对.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 结构生物学 结构生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 阴离子-芳香相互作用对蛋白质结构和功能至关重要.
- 阴子芳香数据库 (CAD) 之前已经对这些图案进行了目录.
- 需要更新的存储库,以反映不断增长的PDB数据.
研究的目的:
- 以最新的蛋白质结构数据更新和扩展阴离子芳香数据库 (CAD).
- 分析阴阳芳香基因的流行率和特征.
- 为了确定蛋白质中特定的阴离子-芳香相互作用偏好.
主要方法:
- 截至2023年6月,从蛋白质数据库 (PDB) 中检索蛋白质结构.
- 使用距离参数 (r,d1,d2) 识别和分类阴离芳香基因.
- 对图案几何学 (球形与圆柱形) 和特定残留物对相互作用的分析.
主要成果:
- 更新后的CAD V2.0包含了来自193,936个蛋白质结构的超过2726万个阴子芳香基因.
- 球形图案 (94.09%) 比圆柱形图案 (5.91%) 更常见.
- 金属离子相互作用频繁,其中82.08%涉及histidine;HIS-HIS和TYR-LYS是普遍的对.
结论:
- 更新后的CAD提供了一个全面的资源,用于研究阴离子-芳香相互作用.
- 分析揭示了胺在金属离子结合和特定残留偏好的重要作用.
- 这些数据有助于理解生物分子中的-芳香相互作用的生物学功能.
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