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Updated: Jul 15, 2025
11:34
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Published on: July 18, 2019
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scQTLbase:一个集成的人类单细胞eQTL数据库
Ruofan Ding1, Qixuan Wang1, Lihai Gong1
1Institute of Systems and Physical Biology, Shenzhen Bay Laboratory, Shenzhen 518055, China.
Nucleic acids research
|October 4, 2023
概括
第一个人类单细胞eQTL (sc-eQTL) 数据库scQTLbase有助于发现疾病风险基因. 它整合了数以百万计的遗传变异,并提供了分析工具,推进了遗传研究.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 全基因组关联研究 (GWAS) 识别了与疾病相关的遗传变异,但功能性解释具有挑战性.
- 表达量的特征位点 (eQTLs) 将基因变异与基因表达联系起来,但仅解释了一部分与疾病相关的变异.
- 单细胞eQTLs (sc-eQTLs) 为识别疾病风险基因和理解转录调节提供了更高的分辨率.
研究的目的:
- 开发第一个全面,综合的人类单细胞eQTL (sc-eQTL) 门户.
- 为搜索,分析和可视化sc-eQTL数据提供一个集中的资源.
- 通过精细分辨率的遗传和基因表达分析,促进新型疾病易感基因的发现.
主要方法:
- 编制了304个人类数据集,涵盖了57种细胞类型和95种细胞状态.
- 整合了大约1600万个与细胞类型/状态基因表达相关的单核酸多态 (SNP).
- 从3,333个特征/疾病中纳入了大约690万个与疾病相关的sc-eQTL.
主要成果:
- 开发了scQTLbase,这是第一个人类sc-eQTLs门户 (http://bioinfo.szbl.ac.cn/scQTLbase).
- 该数据库包含了大量的sc-eQTL数据,包括数百万个SNP和数十万个与疾病相关的sc-eQTL.
- 实现了用于sc-eQTL搜索,基因表达可视化 (UMAP图表),基因组浏览和用GWAS数据进行同地化分析的功能.
结论:
- scQTLbase是单细胞eQTL研究的有价值的一站式门户.
- 该资源显著促进了对疾病易感基因的识别和理解.
- 促进了对单细胞水平上基因表达的基因调节的更深入的了解.
