CysQuant:使用数据依赖或独立获取质谱仪同时量化囊氧化和蛋白质丰度
Jingjing Huang1, An Staes2, Francis Impens2
1Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University, 9052, Ghent, Belgium; Center for Plant Systems Biology, VIB, 9052, Ghent, Belgium.
Redox biology
|October 4, 2023
概括
通过CysQuant,可以精确测量囊氧化和蛋白质水平. 这种新方法揭示了植物中广泛的氨酸氧化和新的二硫化键,推动了氧化还原生物学研究.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 蛋白质功能是通过囊氧化来调节的.
- 准确量化氨酸氧化对于理解氧化还原调节至关重要.
- 现有的方法缺乏同时量化氨酸氧化和蛋白质丰度的能力.
研究的目的:
- 介绍CysQuant,一种用于同时量化氨酸氧化状态和蛋白质丰度的新方法.
- 使用质谱仪平台来证明CysQuant的实用性.
- 为了研究Arabidopsis thaliana中的氨酸氧化.
主要方法:
- CysQuant使用轻型/重型乙胺同位素对降解和氧化氨酸的差异标记.
- 分析是使用数据依赖采集 (DDA) 或数据独立采集质谱 (DIA-MS) 进行的.
- 为了量化,使用了PlexDIA与in silico预测的光谱库.
主要成果:
- 在Arabidopsis thaliana中,使用DIA-MS.量化了平均18%的囊氧化.
- 在AlphaFold2预测结构中确定了形成二硫化桥的高度氧化氨酸.
- 在过度的光应力下,CysQuant成功量化了卡尔文-本森循环酶的减少.
- 在塑性酶中发现了新的氧化还原敏感二硫化物.
结论:
- CysQuant是一种多功能工具,用于评估囊蛋白修饰状态.
- 该方法适用于各种质谱平台和生物体.
- 这种方法为植物的氧化还原调节和二硫化物键形成提供了新的见解.


