转录组分析揭示了参与Pinellia ternata中阴影诱导增长促进的长非编码RNA
Jinrong Yang1, Wanning Cui1, Qian You1
1Anhui Provincial Engineering Laboratory for Efficient Utilization of Featured Resource Plants, College of Life Sciences, Huaibei Normal University, 235000 Huaibei, Anhui, China.
Frontiers in bioscience (Landmark edition)
|October 5, 2023
概括
根据长期非编码RNA (lncRNA) 分析,阴影通过调节活性氧物种 (ROS) 和光信号来促进Pinellia ternata的生长. 这项研究确定了参与P. ternata.阴影诱导增长促进的关键lncRNAs.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
- 植物应激生理学 植物应激生理学
背景情况:
- 高温和干旱限制了Pinellia ternata的生长.
- 遮阳通过减轻环境压力来促进P. ternata的生长.
- 在P. ternata中阴影诱导的增长促进的潜在分子机制在很大程度上是未知的.
研究的目的:
- 研究长非编码RNAs (lncRNAs) 在P. ternata.中调解阴影诱导的增长促进中的作用.
- 为了识别在对阴影的反应中差异表达的 lncRNA (DEL).
- 在阴影条件下阐明受 lncRNAs 影响的调节网络和通路.
主要方法:
- 在阴影条件下使用RNA测序 (RNA-seq) 数据对P. ternata中的lncRNA进行分析.
- 通过比较不同时间点的阴影和自然光条件来识别差异表达的 lncRNA (DEL).
- 使用基因本体学 (GO) 和基因和基因组的京都百科全书 (KEGG) 路径分析构建lncRNA-mRNA调节网络.
主要成果:
- 总共有13,927个lncRNA被确定,在各种比较中确定了145个DEL.
- 大多数DELs (119) 在比较20天的阴影 (D20S) 和20天的自然光 (D20CK) 之间观察到.
- GO和KEGG的分析表明,lncRNAs可能通过调节活性氧物种 (ROS) 代谢,编程细胞死亡 (PCD),信号转导和环境适应途径来调节P. ternata的生长.
结论:
- 这项研究提供了P. ternata对阴影的反应中的lncRNAs的第一个全面分析.
- 已识别的lncRNA及其相关途径提供了对阴影诱导生长促进的分子机制的见解.
- 这些发现为未来研究IncRNA功能和P. ternata生长和应激反应中的调节作用奠定了基础.
