在Naegleria gruberi中对RT-qPCR基因表达的参考基因的评估和验证
Tania Martín-Pérez1, Martina Köhsler2, Julia Walochnik2
1Institute of Specific Prophylaxis and Tropical Medicine, Center for Pathophysiology, Infectiology and Immunology, Medical University of Vienna, 1090, Vienna, Austria. tania.martinperez@meduniwien.ac.at.
Scientific reports
|October 5, 2023
概括
在Naegleria gruberi中确定稳定的参考基因对于准确的基因表达分析至关重要. 这项研究评估了六个家政基因,揭示了ACT和G6PD在各种条件中最稳定,这对于理解Naegleria fowleri病原性至关重要.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- Naegleria gruberi是一种非致病性亚米波鞭虫,是PAM引起的Naegleria fowleri的近亲.
- 初级阿莫比性脑膜炎 (PAM) 由于诊断延迟和缺乏治疗,死亡率很高.
- 对N. gruberi的精确基因表达分析对于理解N. fowleri的致病性和识别药物标至关重要.
研究的目的:
- 评估六个常用的家政基因的稳定性,作为Naegleria gruberi.中的RT-qPCR的参考基因.
- 在各种实验条件下确定最可靠的参考基因 (对数,静止,热冲击,氧化应激).
主要方法:
- 在分子生物学中常用的六个候选参考基因的选择.
- 使用四种算法对基因表达稳定性的评估:geNorm,NormFinder,BestKeeper和RefFinder.
- 在不同的实验条件下评估参考基因稳定性.
主要成果:
- 根据算法和实验条件,观察到参考基因稳定性的显著变化.
- 在所有条件下,ACT和G6PD被确定为geNorm,NormFinder和RefFinder分析中最稳定的参考基因.
- 通过BestKeeper分析,18S和TBP被发现是最稳定的.
- 使用稳定的参考基因对HSP90基因表达的正常化产生了可靠的上调,与使用不稳定的基因的正常化不同.
结论:
- 参考基因的选择显著影响了Naegleria gruberi.中的基因表达数据的可靠性.
- 在N. gruberi基因表达研究中,ACT和G6PD被推作为最稳定的参考基因进行正常化.
- 这项研究为N. gruberi精确的RT-qPCR分析提供了关键的指导方针,有助于未来对Naegleria致病性和药物发现的研究.
