使用全肉丰富和冲洗方法加工的有机和传统的微生物组分析

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 食品科学 食品科学 食品科学
• 禽畜科学 禽畜科学 禽畜科学

背景情况:

• 了解肠道微生物群对于控制食源性病原体至关重要.
• 包括有机和传统方法在内的家禽生产实践可以影响微生物群.
• 需要有效的采样方法来检测的微生物组,以准确检测病原体.

研究的目的:

• 为了比较整个尸体丰富 (WCE) 和冲洗 (WCR) 方法在有机和传统中检测人类病原体的效率.
• 用16S rRNA测序分析这些方法对的微生物组合的影响.
• 根据加工方法和类型,评估微生物多样性指数的差异.

主要方法:

• 有机和常规肉尸体使用WCE和WCR方法与缓冲水 (BPW) 进行处理.
• 样品经过化,DNA提取和16S rRNA测序.
• 使用各种指数 (例如,香农,辛普森,Chao1) 分析了微生物组组成和多样性.

主要成果:

• 蛋白质细菌和虫细菌是这两种类型中占主导地位的细菌类.
• 与WCR相比,WCE方法揭示了与WCR相比,传统的蛋白质细菌/Firmicutes比率发生了变化.
• 虽然一些多样性指数在方法之间有显著差异 (p <0.05),但病原体丰度 (沙门氏菌,坎皮洛巴克) 仍然很低 (<0.1%).

结论:

• 与冲洗方法相比,全尸丰富 (WCE) 方法提供了更全面的微生物组视图.
• 方法的选择会影响微生物群的分析,特别是在传统中.
• 使用WCE进行进一步的研究可以提高家禽的病原体控制策略.