基因组范围内的结构变异与交叉品种欧亚猪的表型差异的关联
Wencheng Zong1, Jinbu Wang1, Runze Zhao1,2
1State Key Laboratory of Animal Biotech Breeding, Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, 100193, China.
猪基因组中的结构变异 (SVs) 影响特征. 这项研究创建了一个高质量的 SV 地图,并使用全基因组关联研究 (GWAS) 来识别影响尸体和骨特征的 SV,特别是在染色体7上.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 动物遗传学动物遗传学
- 人口遗传学 人口遗传学
背景情况:
- 化导致了猪基因组的众多结构变异 (SV),影响了表型和环境适应.
- 包括插入,删除,重复,反转和转位在内的SV广泛存在,但在全基因组关联研究 (GWAS) 中未得到充分研究.
研究的目的:
- 在猪品种中构建高质量的结构变异 (SV) 地图.
- 确定潜在的功能性SV位点,并对各种特征进行全基因组关联研究 (GWAS).
- 调查 SVs 对猪尸体,骨和肉质特征的影响.
主要方法:
- 集成多个SV检测工具,从30头猪 (大白和小猪品种) 生成全面的SV地图.
- 根据位置效应和品种分层,确定了潜在的功能性SV位点.
- 在F2种群中对36种特征进行全基因组关联研究 (GWAS),使用高质量的SV基因型.
主要成果:
- 创建了一个高质量的SV地图,包含123,151个SV,其中53.95%是新的.
- 在染色体7上发现了许多与8个尸体和6个骨特征相关的显著位置,其中FKBP5显示出强烈的关联.
- 发现了肌肉内脂肪,腹周,心脏重量和肝脏重量的显著位置.
结论:
- 使用高覆盖度测序数据构建了一个高质量的SV地图.
- 全基因组关联研究 (GWAS) 显示,SVs显著影响了尸体,骨和肉质特征.
- 在欧洲和中国猪品种之间的体型差异中,SVs可能起着至关重要的作用.
更多相关视频
10:08Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis
Published on: August 12, 2019
11:35Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay EMSA and DNA-affinity Precipitation Assay DAPA
Published on: August 21, 2016
相关概念视频
Genome-wide Association Studies-GWAS
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
Pleiotropy
Incomplete Dominance
Epistasis
Background and Environment Affect Phenotype
An example of how genetic background affects phenotype can be seen in horses. The Extension gene in horses is responsible for their coat color. A wild-type gene (EE) produces black pigment in the coat, while a mutant gene (ee) produces red pigment. A...
Comparing Copy Number Variations and SNPs
Copy number variations or CNVs are the structural variations that cover more than 1kb of DNA sequence. The single nucleotide polymorphism (SNP), on the other hand, is a single nucleotide change or a point mutation that is found in more than 1%...
