NMPFamsDB:来自微生物元基因组和转录元基因组的新型蛋白家族的数据库
Fotis A Baltoumas1, Evangelos Karatzas1, Sirui Liu2
1Institute for Fundamental Biomedical Research, BSRC "Alexander Fleming", Vari, 16672, Greece.
Nucleic acids research
|October 9, 2023
概括
新型元基因组蛋白质家族数据库 (NMPFamsDB) 通过将已知蛋白质集群翻番而扩大已知的蛋白质集群. 本资源通过提供详细的功能和分类学数据,为微生物研究提供新型蛋白质家族的帮助.
科学领域:
- 转基因组学是指转基因组学.
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 超基因组和超转录组研究产生了大量的蛋白质序列数据.
- 许多新型蛋白质序列缺乏参考基因组或Pfam域中已知的蛋白质的同质性.
- 描述这些新型蛋白质对于理解微生物多样性和功能至关重要.
研究的目的:
- 建立新型元基因组蛋白家族数据库 (NMPFamsDB).
- 策划并提供从元基因组和元转录组数据中获得的新型蛋白质家族的访问.
- 为了促进新型微生物功能的发现和表征.
主要方法:
- 开发NMPFamsDB以托管无对应参考基因组或Pfam域的蛋白质家族.
- 包括多个序列对齐,HMM,分类学,生态系统和地理位置元数据.
- 使用AlphaFold2预测每个蛋白质家族的序列,结构和3D模型.
主要成果:
- 目前,NMPFamsDB包含超过10万个蛋白家族,每个蛋白家族至少有100个成员.
- 数据库将参考基因组中已知的蛋白质序列集群的数量增加了一倍以上.
- 揭示了对息地分布,起源,功能和微生物蛋白质分类学的新见解.
结论:
- NMPFamsDB是已知的蛋白质序列数据的显著扩展.
- 该数据库是微生物蛋白质组全方位分析的宝贵资源.
- NMPFamsDB将加速发现和描述新型微生物功能及其在各种生态系统中的作用.
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