转录组分析揭示了山羊精子中的精子生成相关的CircRNA和LncRNA
Bijayalaxmi Sahoo1, Mukesh Kumar Gupta2
1Gene Manipulation Laboratory, Department of Biotechnology and Medical Engineering, Centre for Bioinformatics and Computational Biology, National Institute of Technology Rourkela, Rourkela, Odisha, 769 008, India.
Biochemical genetics
|October 10, 2023
概括
羊精含有多种不同的RNA分子,包括信使RNA和非编码RNA,为男性生育能力提供潜在的生物标志物. 这项研究描述了山羊精子转录组的特征,揭示了它在生殖功能中的作用.
科学领域:
- 生殖生物学 生殖生物学
- 分子遗传学 分子遗传学
- 动物科学动物科学
背景情况:
- 哺乳动物的精子含有编码和非编码RNA,以前被认为是残留的.
- 精子RNA的差异表达与人类男性的生育能力有关,这表明它们有可能作为生物标志物.
- 像山羊这样的家禽精子中的RNA的作用和组成仍然未被充分探索.
研究的目的:
- 为了研究山羊 (Capra hircus) 精子的转录组概况.
- 识别和描述山羊精子中的各种RNA物种.
- 探索这些精子RNA在男性生殖功能和生育能力方面的潜在作用.
主要方法:
- 用三种方法分析精子RNA:配对DNA末端的RNA酶媒介快速放大 (RLM-RACE),纳米孔TM长读RNA测序 (RNAseq) 和IlluminaTM短读RNAseq.
- 转录组数据分析了基因本体学和相关的生物学途径.
- 进行了信使RNAs (mRNAs),核糖体RNAs (rRNAs),各种RNAs (miscRNAs),圆形RNAs (circRNAs) 和微型RNAs (miRNAs) 的鉴定.
主要成果:
- 通过IlluminaTM测序,确定了16604个转录,其中357个mRNA超过了每千基每百万映射读数 (FPKM) 的5.0个片段.
- 精子RNA的组成主要是mRNA (94%),rRNA (3%),miscRNA (1%),circRNA (1%) 和miRNA (1%) 的比例较小.
- 该研究预测了127个circRNA,655个长非编码RNA (lncRNA) 和160个印制基因,这些基因在男性繁殖中具有潜在作用. 基因本体学分析将精子RNA与变,电容,精子运动和精子生成联系起来,涉及Wnt和cAMP信号传递等途径.
结论:
- 这项研究提供了山羊精子RNA转录组 (spRNA) 的综合性特征.
- 鉴定到的spRNA转录与男性的生殖功能有关,包括介质变异,电容和运动性.
- 这些发现表明,山羊spRNA配置文件可以作为评估男性生育能力的诊断方法.
