PMhub 1.0:一个全面的植物代谢基因组数据库
Zhitao Tian1,2, Xin Hu1,2, Yingying Xu1,2
1National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement and National Center of Plant Gene Research (Wuhan), Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China.
Nucleic acids research
|October 11, 2023
概括
植物代谢中心 (PMhub) 是一个全面的植物代谢物信息数据库,包括光谱,遗传学和途径. 它整合了各种数据,使得先进的植物代谢学研究成为可能.
科学领域:
- 植物科学 植物科学
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 植物代谢学研究需要综合访问代谢物数据,光谱和遗传信息.
- 现有的数据库往往缺乏全面的数据整合或实验验证.
研究的目的:
- 引入植物代谢中心 (PMhub),这是植物代谢物数据的统一资源.
- 为分析代谢物网络,遗传基础和实验数据提供工具.
主要方法:
- 来自文学和实验来源的数据聚合.
- 在中生成高分辨率并联质谱 (HRMS/MS) 频谱.
- 基于结构相似性和代谢途径的网络重建.
- 基因组和转录基因组数据的整合.
- 在体外酶活性实验用于途径验证.
主要成果:
- 在PMhub中包含了188,837种植物代谢物的数据,其中有1,467,041种HRMS/MS光谱.
- 包括在10个植物物种中检测到的144,366个实验特征,其中有16,423个被注释.
- 成功验证了N-p-coumaroyltyramine的合成途径.
结论:
- 通过整合各种数据类型,PMhub为植物代谢学研究提供了一个强大的平台.
- 该数据库有助于对植物代谢物进行全面的遗传分析.
- PMhub是植物科学界不可或缺的工具.
