基于总结数据的门德尔随机化通过调节核因子卡帕β (NF-κß) 介导的炎症反应来确定与牛结核病相关的基因表达调节多态性
Gerard Badia-Bringué1,2, Maria Canive1, Nora Fernandez-Jimenez3
1Department of Animal Health, NEIKER- Basque Institute for Agricultural Research and Development, Basque Research and Technology Alliance (BRTA), Derio, Bizkaia, Spain.
这项研究通过分析基因表达,确定了与牛结核病 (PTB) 易感性相关的新型遗传变异. 这些发现提高了我们对PTB的理解.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 兽医医学 兽医医学 兽医医学
- 免疫遗传学 免疫遗传学
背景情况:
- 全基因组关联研究 (GWAS) 已经确定了与偏结核病 (PTB) 易感性相关的宿主遗传变异,但大多数单核酸多态 (SNP) 存在于非编码区域.
- 将非编码变异与下游基因联系起来,并了解它们对PTB易感性的功能影响仍然是一个重大挑战.
- 迄今为止,已经确定了少数与PTB易感性直接相关的功能突变或表达量位点 (cis-eQTLs).
研究的目的:
- 在西班牙霍尔斯坦牛的外周血液 (PB) 和大脑门 (ICV) 样本中识别调节基因表达的cis-eQTLs.
- 将cis-eQTL数据与GWAS数据集成,使用基于总结的数据 门德尔随机化 (SMR) 来发现与PTB病变的遗传关联.
- 阐明牛群中PTB易感性和病变类型 (多焦与扩散) 的遗传基础.
主要方法:
- 使用TensorQTL.分析从PB和ICV样本中归算的全基因组序列基因型和全RNA测序数据.
- 在PB和ICV样本中识别cis-eQTL,错误发现率 (FDR) ≤0.05.
- 应用SMR将cis-eQTL数据与来自813头PTB相关病变的牛的GWAS数据整合起来.
主要成果:
- 在PB和ICV样本中分别发现了88个和37个调节90个和37个基因的cis-eQTL.
- 发现了两种与早期生长反应因子4 (EGR4) 和MGC134040相关的新型cis-eQTL,与多焦点和扩散肠道病变相关 (P = 0.002和P = 0.017).
- EGR4通过NF-κβ相互作用调节T细胞增殖和细胞因子产生;MGC134040是NF-κβ向基因.
结论:
- 该研究提供了对影响牛PTB结果的遗传因素的更深入的了解.
- 证实了不同的宿主遗传因素是多焦点与扩散PTB病变的基础.
- 突出了特定的调节性SNP及其目标基因 (EGR4,MGC134040) 以用于未来对PTB病原性的功能研究.
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