对与藏羊复杂特征相关的候选拷贝数多态基因的全基因识别
Dehong Tian1,2, De Sun3, Qianben Ren4
1Qinghai Provincial Key Laboratory of Animal Ecological Genomics, Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology, Chinese Academy of Sciences, Xining, 810001, Qinghai, China.
西藏羊的副本数变异 (CNVs) 揭示了与缺氧适应和外套颜色等特征相关的遗传多样性. 这项研究确定了成千上万的CNV,突出了它们在牲畜遗传学中的作用.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 动物遗传学动物遗传学
- 畜牧养殖 畜牧养殖 畜牧养殖
背景情况:
- 副本数变异 (CNV) 是遗传结构多态化的重要来源.
- CNV对于表型多样性和畜牧业经济重要特征至关重要.
- 了解西藏羊的CNV对于改善所需的遗传变异至关重要.
研究的目的:
- 检测和描述当地西藏绵羊群中的CNV变异.
- 确定与西藏绵羊经济重要特征和适应相关的基因.
- 为了解缺氧适应和其他特征的遗传基础提供见解.
主要方法:
- 采用全基因组测序来分析6个当地的西藏绵羊群.
- 检测到并合并的CNV事件和拷贝数变量区域 (CNVR).
- 进行了功能基因本体学 (GO) 集群分析和基于CNVR的Vst分析.
主要成果:
- 总共有69,166个CNV事件和7,230个CNVR被确定,覆盖了参考基因组的2.72%.
- CNVRs主要涉及感官感知,对刺激的反应和信号转导通路.
- 诸如CACNA2D3,CTBP1 (低氧适应),HTR1A (外套颜色) 和TRNAS-GGA,PIK3C3 (体重) 等基因表现出强烈的选择性.
结论:
- CNV 是西藏羊的遗传变异的一个重要因素.
- 鉴定的基因为理解适应高海拔环境和经济重要特征提供了基础.
- 这项研究为影响西藏绵羊关键特征的结构变异提供了新的见解.
更多相关视频
09:32An Array-based Comparative Genomic Hybridization Platform for Efficient Detection of Copy Number Variations in Fast Neutron-induced Medicago truncatula Mutants
Published on: November 8, 2017
08:27Large-Scale Multi-Omics Genome-Wide Association Studies Mo-GWAS: Guidelines for Sample Preparation and Normalization
Published on: July 27, 2021
相关概念视频
Comparing Copy Number Variations and SNPs
Copy number variations or CNVs are the structural variations that cover more than 1kb of DNA sequence. The single nucleotide polymorphism (SNP), on the other hand, is a single nucleotide change or a point mutation that is found in more than 1%...
Single Nucleotide Polymorphisms-SNPs
Genome-wide Association Studies-GWAS
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
Incomplete Dominance
Polygenic Traits
Pleiotropy
