一个全面的光谱分析库,通过DIA/SWATH-MS量化Halobacterium salinarum NRC-1蛋白质组
Ulrike Kusebauch1, Alan P R Lorenzetti1, David S Campbell1
1Institute for Systems Biology, 401 Terry Ave N, Seattle, WA, 98109, USA.
Scientific data
|October 13, 2023
概括
对Halobacterium salinarum NRC-1的新光谱测定库使可靠的蛋白质组定量成为可能. 这种资源涵盖了97%的考古.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 古代生物生物学 古代生物生物学
背景情况:
- 数据独立获取 (DIA) 质谱需要光谱分析库来进行蛋白质组分析.
- 现有的图书馆涵盖了像人类和老鼠这样的模型生物,但不是极端的古生物.
- 哈洛细菌盐NRC-1是一种关键的模型生物体,缺乏公共的光谱测试库.
研究的目的:
- 为Halobacterium salinarum NRC-1创建一个全面的光谱测试库.
- 为了使H. salinarum蛋白质组的可靠和可重复量化.
- 为了促进对这个模型的进一步研究,archaeon.
主要方法:
- 使用质谱测量,为H. salinarum NRC-1生成一个光谱测试库.
- 分析了21,074种不同的,占预测蛋白质组的97%.
- 通过测量随时间推移的全球蛋白质丰度来证明图书馆的实用性.
主要成果:
- 一个光谱测试库成功地为H. salinarum NRC-1生成.
- 该图书馆涵盖了2,646个注释蛋白质中的2,563个.
- 在标准生长条件下测量了全球蛋白质丰度,展示了图书馆的应用.
结论:
- 开发的H. salinarum NRC-1光谱测定库是蛋白质组学研究的宝贵资源.
- 这家图书馆可以对考古蛋白质进行可靠的测量和量化.
- 数据和图书馆是科学界公开使用的.
更多相关视频
08:09An Aquatic Microbial Metaproteomics Workflow: From Cells to Tryptic Peptides Suitable for Tandem Mass Spectrometry-based Analysis
Published on: September 15, 2015
8.8K
09:06Removal of Exogenous Materials from the Outer Portion of Frozen Cores to Investigate the Ancient Biological Communities Harbored Inside
Published on: July 3, 2016
8.1K
