在结肠直肠癌和同步腺瘤中基于RNA-Seq的分子分类分析
Ji Won Choi1,2, Gi-Young Lee3, Sangsoo Kim3
1Department of Biological Sciences, Sungkyunkwan University, Suwon 16419, Republic of Korea.
Cancers
|October 14, 2023
概括
这项研究使用了分子亚型的内在分类 (iCMS) 来分析结直肠癌 (CRC) 和腺瘤. 结合in silico细胞分离,ICMS系统有助于分子剖析结直肠瘤及其前体.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 结肠直肠癌 (CRC) 通过共识分子亚型 (CMS) 进行分类.
- 分子亚型的内在分类 (iCMS) 系统通过结合上皮状况,微卫星不稳定性和纤维化来完善分类.
- 了解从腺瘤到癌的分子进展对于CRC研究至关重要.
研究的目的:
- 通过iCMS分类提供支持腺瘤-癌瘤序列概念的分子证据.
- 研究结直肠腺癌和同步腺瘤的分子亚型.
- 评估在细胞分离方法与iCMS一起使用的实用性.
主要方法:
- 利用来自29个结直肠腺癌和11个腺瘤样本的大量RNA测序数据.
- 采用CiberSortx,一种in silico方法,以估计表皮CMS细胞比例.
- 为CMS分类开发了一个随机森林 (RF) 模型,并将其结果与CiberSortx.com进行了比较.
- 基于iCMS签名面板的应用热图集群.
主要成果:
- 在所有分析的CRC中,CiberSortx确定CMS2或CMS3为主要的上皮细胞类型.
- 射频模型将大约50%的CRC归类为CMS4,CiberSortx检测不佳的亚型.
- 由RF分类为CMS4的CRC被丰富了肌纤维细胞,导致暂时指定为iCMS2-F/iCMS3-F.
- 该研究表明,对于某些CRC亚型,CiberSortx和RF模型分类之间存在差异.
结论:
- 当iCMS系统与in silico细胞分离集成时,它为结直肠癌和腺瘤的分子解剖提供了强大的方法.
- 这项研究通过表征瘤亚型,为腺瘤-癌瘤序列提供了分子洞察力.
- 这些发现凸显了在CRC分子分类中考虑肌纤维细胞等结构成分的重要性.
