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Updated: Jul 13, 2025
11:26
Sequencing of mRNA from Whole Blood using Nanopore Sequencing
Published on: June 3, 2019
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使用纳米孔长读序列测序进行元编码,用于对复合体血寄生虫的公正表征
Lucas G Huggins1, Vito Colella1, Neil D Young1
1Melbourne Veterinary School, Faculty of Science, University of Melbourne, Parkville, Victoria, Australia.
Molecular ecology resources
|October 14, 2023
概括
牛津纳米孔测序提供了一种敏感的方法,用于在动物血液中检测复合体寄生虫. 这种长期阅读的测序方法改善了物种识别,可以适应现场使用.
科学领域:
- 兽医寄生虫学 兽医寄生虫学
- 分子诊断学 分子诊断
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 猿复合体血寄生虫在全球范围内对人类和动物造成重大疾病和经济损失.
- 像显微镜这样的传统诊断方法与低水平的寄生虫病和共感染作斗争.
- 目前的分子技术,如PCR和简读NGS,在准确检测所有物种或共感染方面存在局限性.
研究的目的:
- 为了评估牛津纳米孔技术 (ONT) 的长读序列为apicomplexan血寄生虫metabarcoding.
- 评估ONT测序在检测犬血样中的各种复合物种的性能.
- 将基于ONT的元编码与定量PCR (qPCR) 和基于Illumina的元编码进行比较.
主要方法:
- 几乎全长的18S核糖体RNA基因测序使用ONT MinIONTM.
- 从100只狗血液样本中提取的复合体DNA的元编码分析.
- 将ONT结果与qPCR和Illumina测序数据进行比较.
主要成果:
- 通过ONT测序,成功检测出多种复杂类物种,包括Babesia,Hepatozoon,Neospora,Plasmodium,Theileria和Toxoplasma.
- 纳米孔测序表明,对于常见的血寄生虫 (kappa > 0.98),与qPCR的高度一致.
- 肝动物被纳米孔测序检测到,但QPCR和Illumina方法错过了.
结论:
- 长期阅读的纳米孔测序为复合体检测提供了更好的物种级分类分辨率.
- 这种方法广泛适用于研究不同哺乳动物宿主中的复合体社区.
- MinIONTM测序器的便携性使其更容易适应基于现场的诊断.
