评估三种土壤去除方法,用于对模拟法医地质证据的环境DNA分析
Teresa M Tiedge1, Kelly A Meiklejohn1
1Department of Population Health and Pathobiology, North Carolina State University, Raleigh, North Carolina, USA.
Journal of forensic sciences
|October 15, 2023
概括
从证据中挑选/除土壤对于环境DNA (eDNA) 分析是有效的. 这种方法产生了更高的DNA度和与土壤核相比的结果,使其适合法医科学.
科学领域:
- 法医科学 法医科学 法医科学
- 分子生物学分子生物学
- 环境科学 环境科学
背景情况:
- 土壤的可变性和可转移性使其在刑事调查中具有价值.
- 传统的法医分析侧重于无机土壤成分.
- 对土壤环境DNA (eDNA) 的兴趣日益增加,以获得更好的法医洞察力.
研究的目的:
- 为了比较下游eDNA分析的三种常见的土壤去除方法 (采摘/除,超声波,擦拭) 的有效性.
- 确定土壤清除技术对DNA产量和微生物/真核生物社区恢复的影响.
- 评估采摘/除的样本是否反映了土壤核心中发现的土壤社区组成.
主要方法:
- 三种假证据类型 (T恤衫,靴底,) 使用采摘/,超声波和扫描 (n=27) 进行了采样.
- 土壤样本接受了细菌 (16S),真菌 (ITS1),植物 (ITS2) 和节肢动物 (COI) 条形码区域的DNA隔离,定量和放大.
- 在Illumina MiniSeq平台上准备DNA库进行测序.
主要成果:
- 与超声波和抽样样本相比,在采摘/取样本中,DNA度显著更高.
- 所有的去除方法都没有显示出阿姆普利康序列变异 (ASV) 恢复的总数有显著差异.
- 摘取/除的样品在多维分析中分别分组,并与基准土壤核心样本对齐.
结论:
- 摘/是法医eDNA分析中有效和可接受的土壤去除方法.
- 这种方法提供了更高的DNA产量,可以更好地代表原始的土壤微生物和真核生物群落.
- 进一步的研究可以在不同的土壤类型和证据矩阵中验证这些发现.
