生物KA:一个精心策划和整合的动物生物标志物知识库
Yibo Wang1,2, Yihao Lin1,2, Sicheng Wu1,2
1National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences and China National Center for Bioinformation, Beijing 100101, China.
Nucleic acids research
|October 16, 2023
概括
生物KA是动物生物标记物的新知识库,解决非人类疾病研究和育种方面的差距. 它整合了多样化的数据,为探索动物健康和遗传资源提供了工具.
科学领域:
- 生物医学信息学 生物医学信息学
- 动物基因组学 动物基因组学
- 比较生物学的比较生物学
背景情况:
- 生物标志物对于个性化医学,药物开发和育种至关重要.
- 目前动物生物标志物资源有限,主要集中在人类疾病上.
- 对于非人类动物生物标志物的综合资源是需要的疾病研究和育种.
研究的目的:
- 开发BioKA,一个精心策划和整合的动物生物标志物的知识库.
- 整合有关动物物种,疾病,特征和相关生物标志物的信息.
- 为了促进数据的探索和对动物健康和遗传学的理解.
主要方法:
- 来自4747个参考的精选和整合数据.
- 包括31个物种的16296个生物标志物,涵盖基因/蛋白质,miRNA,突变,代谢,circRNA和lncRNA类型.
- 集成的功能注释 (GO,路径) 和构建的交互网络 (例如,circRNA-miRNA-mRNA).
主要成果:
- 生物卡含有16296个生物标志物,用于31个物种中的951种疾病/特征.
- 整合了各种各样的注释,并建立了交互式知识网络,以实现高效的探索.
- 提供了13个物种的品种/菌株信息和16个物种的8784个生物标志物的同类注释.
结论:
- 生物卡是促进动物疾病研究和理解的宝贵资源.
- 该知识库通过提供遗传和生物标记信息来支持畜牧养殖.
- 通过综合数据和交互式工具,BioKA增强了对动物健康的探索.
