化学信息学微服务:统一访问开放的化学信息学工具包.
Venkata Chandrasekhar1, Nisha Sharma1, Jonas Schaub1
1Institute for Inorganic and Analytical Chemistry, Friedrich Schiller University Jena, Lessingstr. 8, 07743, Jena, Germany.
Journal of cheminformatics
|October 16, 2023
概括
本研究介绍了Cheminformatics微服务,这是一个开源工具,简化了访问RDKit,CDK和Open Babel功能. 它解决了研究人员和开发人员采用化学信息学工具包所面临的挑战.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 化学信息学软件开发
背景情况:
- 开源化学信息学工具包的进步提供了强大的功能.
- 由于安装,设置和兼容性问题,采用这些工具包存在挑战.
研究的目的:
- 介绍一个开源的化学信息学微服务.
- 为多个化学信息学工具包提供统一的接口.
- 为了简化整合到现有的工作流程.
主要方法:
- 使用FastAPI和Docker容器化开发了一个微服务.
- 整合了来自RDKit,化学开发套件 (CDK) 和Open Babel的功能.
- 包括高级功能,如结构生成和光学化学结构识别 (OCSR).
主要成果:
- 该微服务为常见的化学信息任务提供了一个统一的API.
- 它简化了多个化学信息学工具包的使用.
- 该服务具有可扩展性,可扩展性和易于集成.
结论:
- 化学信息学微服务克服了化学信息学工具包的采用挑战.
- 它为开发人员提供了无集成和可扩展性.
- 公开可用的资源促进了更广泛的采用和发展.


