通过化学辅助方法量化转录组中的m6A和 Ψ 修改
Meiling Zhang1, Ye Xiao2,3, Zhe Jiang1
1State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research, School of Life Sciences, Peking University, Beijing 100871, China.
Accounts of chemical research
|October 18, 2023
概括
新的测序技术可以绝对量化RNA修饰,如N6-甲基氨酸 (m6A) 和伪尿素 (Ψ). 这些方法为了解基因表达调节和动态表皮转录组提供了关键的固体测量信息.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 在RNA中存在超过170种化学修饰,其中N6-甲基氨酸 (m6A) 和伪氨酸 (Ψ) 在真核mRNA中丰富.
- 表表写体,包括各种RNA修饰,在基因表达调节中发挥关键作用.
- 高通量测序技术,包括化学辅助方法,对于绘制和研究RNA修改至关重要.
研究的目的:
- 介绍研究小组开发的m6A和 Ψ修饰的新型定量测序技术.
- 审查化学辅助反应的最新进展,以检测m6A和 Ψ.
- 讨论转录组全方位RNA修饰映射中的挑战和未来机会.
主要方法:
- 开发GLORI,使用glyoxal和酸盐来绝对量化m6A.
- 开发CeU-seq和PRAISE,分别使用碳胺化学和二硫酸盐进行选择性标记和检测 Ψ.
- 利用化学反应性来进行RNA修饰的基底分辨率和静电测绘.
主要成果:
- 格洛里允许高效,公正,单基分辨率和m6A的绝对量化.
- CeU-seq 和 PRAISE 提供了 Ψ 的全转录组检测,并提供了基底分辨率和静态度信息.
- 定量分析揭示了对RNA修饰的动态性质和调节作用的关键见解.
结论:
- 定量测序技术对于表皮转录组及其在基因调节中的作用的表征至关重要.
- 开发的方法提供了m6A和 Ψ的精确测量,推进了对RNA修饰动态的研究.
- 化学辅助映射的未来进展有望为更深入地了解RNA修饰功能的承诺.
