在结肠表皮和相对癌细胞系中的最佳基因基因组的查和验证

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 遗传学 遗传学 是一个
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• 实时定量聚合酶连锁反应 (RT-qPCR) 对于mRNA表达分析至关重要.
• 关于RT-qPCR实验出版的最低信息 (MIQE) 准则强调了参考基因选择对于准确结果的重要性.
• 确定稳定的参考基因对于结直肠癌 (CRC) 中可靠的基因表达研究至关重要.

研究的目的:

• 在结直肠癌 (CRC) 和正常结肠细胞系中选和验证RT-qPCR的最佳基因基因组.
• 为了评估8个候选参考基因在各种CRC细胞系中的表达稳定性.
• 在CRC研究中确定最可靠的基因基因组合,以准确地规范基因表达.

主要方法:

• 在8个候选基因 (GAPDH,ACTB,18S,PPIA,B2M,SDHA,GUSB,YWHAZ) 上进行了RT-qPCR,这些基因在多个CRC和正常结肠细胞系中存在.
• 基因表达稳定性使用geNorm,NormFinder和BestKeeper软件进行评估.
• 根据不同细胞系的稳定性分析确定了最佳基因基因组.

主要成果:

• 在结肠上皮细胞系中观察到候选参考基因表达水平的显著变化.
• 大多数细胞系 (NCM460,HCT116,SW620,LOVO,RKO,SW480,HT29) 的最佳组分由两个基因组成:YWHZA和B2M.
• 对于DLD-1细胞,最稳定的对是PPIA和GUSB,与其他细胞系不同.
• 与单个基因或其他面板相比,YWHZA+B2M组合面板显示了较低的群内变异.

结论:

• 该研究确定YWHZA+B2M为大多数测试的结直肠癌细胞系的最佳基因基因基因组.
• 建议PPIA+GUSB作为针对DLD-1细胞的最佳基因参考组.
• 这些发现为使用RT-qPCR进行结直肠癌研究的准确和可重现的基因表达研究提供了关键指导.