一种优化和高吞吐量方法用于质子propionylation和数据独立获取分析,用于识别和量化质子后翻译修饰
Richard M Searfoss1, Rashmi Karki1, Zongtao Lin1
1Department of Biochemistry and Molecular Biophysics, Washington University School of Medicine, St. Louis, Missouri 63110, United States.
Journal of the American Society for Mass Spectrometry
|October 19, 2023
概括
这项研究优化了质谱测量中的基因组衍生,增加了研究表观遗传调节和基因组PTM的样本吞吐量,而不会牺牲数据质量.
科学领域:
- 表观遗传学和分子生物学
- 蛋白质组学和质谱学
背景情况:
- 基因组蛋白对于DNA包装和通过后翻译修饰 (PTMs) 的表观遗传调节至关重要.
- 基因组PTM与各种人类疾病有关,因此研究它们对于了解疾病病因至关重要.
- 已建立的分析基因组PTM的方法包括化学衍生,液体色谱和质谱.
研究的目的:
- 优化现有的基因组衍生协议,以提高样品吞吐量.
- 为了提高基素PTM定量化的质量和可靠性.
- 调整和评估用于质谱分析的数据独立采集 (DIA) 策略.
主要方法:
- 优化了化学衍生程序,用于单独的组织蛋白.
- 实施了用于质量控制propionylation和消化标准的spike-in.
- 探索了质谱学的各种数据独立采集 (DIA) 策略.
主要成果:
- 开发了一个优化的协议,可以增加样品吞吐量.
- 保持了对基因素PTMs的高度识别和量化.
- 通过使用尖端入标准,在色谱保留和分离方面证明了改进的可重现性.
结论:
- 优化的协议提高了分析基因组PTMs的效率.
- 这种改进的方法支持了强大的疾病病因学研究和治疗开发.
- 经过验证的方法确保了对质PTM研究的高质量数据.
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