瑞士Param 2023:一个现代的基于网络的工具,用于高效的小分子参数化
Marine Bugnon1, Mathilde Goullieux1, Ute F Röhrig1
1Molecular Modeling Group, SIB Swiss Institute of Bioinformatics, CH-1015 Lausanne, Switzerland.
Journal of chemical information and modeling
|October 19, 2023
概括
更新的SwissParam工具通过生成小分子分子力学力场参数来简化计算机辅助药物设计. 它现在支持共价联结体,并提供 tautomer/protonation 状态信息以提高准确性.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 药物发现 药物发现
- 分子建模分子建模
背景情况:
- 计算机辅助药物设计 (CADD) 加快了药物发现.
- 基于结构的方法依赖于生物宏分子结构.
- 为小分子生成准确的力场参数是一个重大挑战.
研究的目的:
- 为了呈现SwissParam网络工具的更新版本.
- 增强分子力学参数和小分子拓的生成.
- 为了提高与现代分子动力学的兼容性,力场.
主要方法:
- 更新了基于默克分子力场 (MMFF) 的瑞士Param工具.
- 与CHARMM36力场和CHARMM通用力场 (CGenFF) 的兼容性通过MATCH.
- 支持共价联体,各种进口格式和分子素描仪.
主要成果:
- 药物设计中用于小分子的增强参数生成.
- 支持对共价联结体参数化的支持.
- 包含 tautomer 和 protonation 状态信息以进行综合分析.
结论:
- 更新的SwissParam工具为生成精确的分子参数提供了更好的功能.
- 它通过解决小分子参数化的挑战来促进基于结构的药物设计.
- 该工具是免费的,可以通过Web和命令行接口访问.
