菲律宾访问COVID-19和宿主-病原体相互作用的黑卡通:为低收入和中等收入国家吸取经验教训和建议

科学领域:

• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• COVID-19大流行凸显了对宿主易感性和人类-SARS-CoV-2相互作用进行强有力的基因组学分析的需要.
• 开发便携和可重复的生物信息管道对于研究宿主-病原体相互作用 (HPI) 至关重要.

研究的目的:

• 为HPI研究建立和加强OMICS数据分析方面的机构能力.
• 开发SARS-CoV-2基因组学,植物动力学和宿主遗传变异的生物信息管道.
• 应对全球卫生挑战,特别是在低收入和中等收入国家 (LMIC).

主要方法:

• 在PHINDaccess项目下,在2020年和2021年组织了两个黑客马拉松.
• 专注于合作开发病毒基因组学和宿主-病原体相互作用的生物信息学管道.
• 记录了准备工作,程序,挑战和经验教训.

主要成果:

• 成功启动了用于SARS-CoV-2分析的生物信息学管道的开发.
• 促进参与机构在OMICS数据分析方面的能力建设.
• 确定了在LMIC环境中进行黑客马拉松的关键挑战和实际考虑.

结论:

• 黑客马拉松是有效的协作开发生物信息学工具的传染病研究.
• 在生物信息学方面的能力建设对于LMIC来说至关重要,以应对全球健康威胁.
• 经验为在不同环境中组织类似活动提供了宝贵的见解.